Thompson a laissé une marque importante sur le paysage canadien, tant sur le plan physique qu’intellectuel. Ses arpentages et ses cartes ont défini les frontières où nous vivons aujourd’hui. Ses voyages et ses écrits donnent un aperçu du commerce de fourrures, de la culture autochtone et des écosystèmes de l’Ouest. Sa vision de la nation, qui incluait les vastes territoires de l’ouest, anticipait le Canada d’aujourd’hui. Son mariage de près de 60 ans avec Charlotte Small symbolisait le rôle vital que les femmes jouaient en tant que partenaires dans le commerce de fourrures. Le patrimoine de Thompson demeure une inspiration et un défi alors que nous commémorons le 150e anniversaire de sa mort.
Pendant qu’il étudiait sous la direction de Philip Turnor, Thompson perdit l’usage de son œil droit. Il survécut à de nombreux accidents, à un cas presque mortel de malaria, à un accès de choléra débilitant et à des rhumatismes dans une de ses jambes. David et Charlotte perdirent aussi trois de leurs enfants. Étant très croyant, Thompson put surmonter ces tragédies personnelles.
Les écrits de Thompson restèrent dans la famille après sa mort. Son fils Joshua vendit ses journaux au gouvernement. Ses récits devinrent la propriété privée d’un citoyen, et furent publiés en 1916. Thompson eut droit à la reconnaissance posthume du gouvernement du Canada, qui érigea une plaque commémorative en son honneur en 1930 et qui émit un timbre à son effigie en 1957.
Les récits de Thompson furent publiés pour la première fois par la Champlain Society en 1916 et republiés en 1962.
En 1927, la Commission des lieux et des monuments historiques du Canada désigna Thompson comme personne d’importance historique. Plus tard, le gouvernement de l’Ontario dédia une plaque en son honneur à Williamstown, son ancien lieu de résidence.